Zjawisko El Nińo, a dokładniej: oscylacja południowa, której jest ono częścią, wciąż stanowi zagadkę dla badaczy oceanów i atmosfery. Nadal do końca nie wiadomo, dlaczego raz na kilka lat równikowe prądy morskie na Pacyfiku, normalnie płynące na zachód, zatrzymują się, a nawet trochę zawracają, w wyniku czego niesiona przez nie ciepła woda zaczyna gromadzić się w pobliżu Ameryki Południowej, zamiast zmierzać ku Azji. Na tym właśnie polega El Nińo. Jest ono jednym z dwóch skrajnych wychyleń oscylacji południowej, obejmującej znaczną część Oceanu Spokojnego na południe od równika.